أنشأت المحكمة الإفريقية لحقوق الإنسان والشعوب (ويشار إليها باسم "المحكمة الإفريقية") بموجب البروتوكول الملحق بالميثاق الإفريقي لحقوق الإنسان والشعوب، والذي اعتمدته الدول الأعضاء في منظمة الوحدة الإفريقية في واغادوغو، بوركينا فاسو، في يونيو 1998. وقد دخل البروتوكول حيز النفاذ في يناير 2004. وتم انتخاب قضاة المحكمة الإفريقية في يناير 2006، في الخرطوم، بالسودان، وأدوا اليمين لاحقاً أمام الجمعية العمومية لرؤساء الدول والحكومات في 2 يوليو 2006 في بانجول، غامبيا. ويتم انتخاب القضاة بصفتهم الفردية من بين القضاة الأفارقة المشهود لهم بالنزاهة والمؤهلات والخبرة، بعد أن يتم ترشيحهم من قبل الدول الأطراف. كما يتم الانتخاب على أساس التمثيل العادل للمناطق الإفريقية الخمس الكبرى، والنظم القانونية والاختصاصات القضائية الرئيسية. في يوليو 2008، قام المجلس التنفيذي للاتحاد الإفريقي والجمعية العمومية لرؤساء الدول والحكومات خلال الدورة الثالثة عشرة والحادية عشرة للاتحاد الإفريقي على التوالي، بإعادة انتخاب وإعادة تعيين قاضيين اثنين كانت مدة ولايتهما قد انقضت وترشحا لإعادة الانتخاب، كما تم انتخاب قاضيين جديدين أيضاً وتعيينهما. بدأت المحكمة الإفريقية أعمالها في أديس أبابا، إثيوبيا، في نوفمبر 2006، ولكنها انتقلت إلى مقرها الدائم في أروشا، تنزانيا، في أغسطس 2007. والمحكمة قائمة الآن في أروشا حيث قدمت لها حكومة جمهورية تنزانيا المتحدة مقراً مؤقتاً ريثما يتم بناء هياكل دائمة للمحكمة. عقدت المحكمة منذ تأسيسها إحدى عشرة دورة عادية ودورة واحدة استثنائية. وتشتمل التحديات التي واجهت المحكمة الإفريقية في مراحلها الأولى على إتمام خطوات تفعيل عمل المحكمة. ولهذا ناقش القضاة خلال جلسات المحكمة مسائل شملت إعداد ميزانية المحكمة، وتطوير الهيكل الإداري لسجل المحكمة. وقد صادقت الأجهزة المختصة بالسياسات في الاتحاد الإفريقي على هيكل سجل المحكمة، حيث ستضم المحكمة الإفريقية إجمالي 57 عضواً في هيئة الموظفين، بما يشمل القضاة. ويكون رئيس المحكمة الإفريقية مقيماً في مقر المحكمة الإفريقية، في حين أن القضاة العشرة الآخرين يعملون على أساس عدم التفرغ. ومن أهم الأمور أن المحكمة الإفريقية استكملت مهمة صياغة نظامها الداخلي، وهي مهمة معقدة ولكن لا غنى عنها، حيث اعتمدت مؤقتاً خلال دورة المحكمة التاسعة، في يونيو 2008، في انتظار عملية التشاور مع اللجنة الإفريقية لحقوق الإنسان والشعوب، التي تتخذ من بانجول مقراً لها. وقد نص البروتوكول المتعلق بإنشاء المحكمة على أن تحقق المؤسستان التجانس بين قواعد كل منهما. وقد أصبحت المحكمة الآن على استعداد لاستلام القضايا المرفوعة إليها. تتمتع المحكمة بصلاحية اتخاذ القرارات النهائية والملزمة بشأن انتهاكات حقوق الإنسان التي ترتكبها الدول الأعضاء في الاتحاد الإفريقي. تقوم صلاحيات المحكمة الإفريقية لحقوق الإنسان والشعوب على أساس اختصاصها والقانون الذي ستطبقه عند ممارسة هذا الاختصاص. يمتد اختصاص المحكمة إلى جميع القضايا والنزاعات التي تقدم إليها والمتعلقة بتفسير وتطبيق الميثاق الإفريقي لحقوق الإنسان وحقوق الشعوب، وبروتوكول ميثاق إنشاء المحكمة الإفريقية لحقوق الإنسان والشعوب وغيره من وثائق حقوق الإنسان ذات الصلة والتي صادقت عليها الدول الداخلة طرفاً في القضية المعنية. وتبت المحكمة في المنازعات بشأن ما إذا كان لها اختصاص النظر في مسألة ما. الاختصاص الاستشاري يجوز للمحكمة، بناء على طلب أية دولة عضو في الاتحاد الإفريقي، أو أي من أجهزة الاتحاد الإفريقي، أو أي منظمة إفريقية يعترف بها الاتحاد الإفريقي، أن تعطي رأيها بشأن أي مسألة قانونية تتعلق بالميثاق أو أي صكوك أخرى ذات الصلة بحقوق الإنسان، شريطة أن لا يكون موضوع الرأي على علاقة بمسألة يجري بحثها من قبل اللجنة الإفريقية لحقوق الإنسان والشعوب يوجد ثلاث وخمسين (53) دولة عضواً في الاتحاد الإفريقي، وقد صادقت جميعاً على الميثاق، ولكن لم يصادق على بروتوكول المحكمة سوى خمس وعشرين (25) دولة، وهي: أوغندا، بوركينا فاسو، بوروندي، تنزانيا، توغو، تونس، الجزائر، جزر القمر، جنوب إفريقيا، رواندا، السنغال، الغابون، غامبيا، غانا، كوت ديفوار، كينيا، ليبيا، ليسوتو، مالي، ملاوي، موريتانيا، موريشيوس، موزامبيق، النيجر، نيجيريا. الاختصاص الخلافي يجوز للمحكمة أن تتعامل مع جميع القضايا والنزاعات التي تقدم إليها والمتعلقة بتفسير وتطبيق الميثاق، وببروتوكول المحكمة، وأية صكوك أخرى ذات صلة تتعلق بحقوق الإنسان وصادقت عليها الدول المعنية. التسويات الودية للمحكمة أيضاً الاختصاص بتشجيع إبرام التسويات الودية للقضايا المعروضة عليها وفقاً لأحكام الميثاق. الأحكام للمحكمة اختصاص تفسير الأحكام الصادرة عنها كما يمكنها أيضاً مراجعة أحكامها السابقة في ضوء الأدلة الجديدة. ويجوز للمحكمة أن تقبل قضايا من أطراف متعددة، بما يمنحها أسساً واسعة لممارسة اختصاصها القضائي. القوانين السارية تطبق المحكمة أحكام الميثاق وغيره من الصكوك ذات الصلة بحقوق الإنسان التي صادقت عليها الدول ذات الصلة بقضية بعينها. وينص الميثاق على أن مصادر القانون السارية بغرض مراقبة تنفيذ الميثاق هي القانون الدولي لحقوق الإنسان والشعوب، وبشكل خاص أحكام الصكوك الإفريقية المختلفة بشأن حقوق الإنسان وحقوق الشعوب، وميثاق الأمم المتحدة، وميثاق منظمة الوحدة الإفريقية، والذي صار القانون التأسيسي للاتحاد الإفريقي، والإعلان العالمي لحقوق الإنسان، وغيرها من الصكوك التي اعتمدتها الأمم المتحدة والبلدان الإفريقية في ميدان حقوق الإنسان والشعوب، وكذلك من أحكام شتى الصكوك التي اعتمدت في إطار وكالات الأمم المتحدة المتخصصة التي تدخل في عضويتها الدول الأطراف في الميثاق.