اللاجئين السودانيين وطالبي اللجوء عُرضة للاضطهاد في البلد المضيف (مصر) على أساس العرق والجنسية والرأي السياسي. الكلمتان المفتاحيتان اللتان تصفان وضع مجتمع اللاجئين السودانيين هما: العنصرية والاستهداف.
وبالرغم من أن السودانيين من مناطق وسط وشمال وشرق السودان يشبهون النوبيين المصريين، إلا أنهم، رغم ذلك، يواجهون عنصرية مضاعفة في بعض الأماكن والمؤسسات بسبب لهجتهم المختلفة والطمع المصري في الموارد الطبيعية السودانية وتاريخ الحساسيات بين الشعبين الجارين.
الدليل الصارخ على ما ذكرناه آنفاً هو عدم تنفيذ اتفاق الحريات الأربعة بين السودان ومصر من الطرف المصري. فالسودانين (من اللاجئين و غير- اللاجئين) يحتاجون إلى الحصول على الـ فيزا قبل مجيئهم لمصر، ولأن يدفعوا رسوماً لتجديد إذن الإقامة كل 6 أشهر، بينما لا يتمتعون بحرية امتلاك صيدلية ولا حتى افتتاح عيادة طبية...
في يوم 5 نوفمبر 2014 تعرض مجتمع لاجئي وسط وشمال وشرق السودان بمصر (و ش ش) لتهديدات داخل مبنى مفوضية اللاجئين، وذلك بسبب طرح موضوع الفساد، بما في ذلك ابقاء اللاجئين كأسرى لعشرات السنوات بمصر بهدف استيفاء بعض الأجندات خارج تفويض مفوضية اللاجئين وحلب المجتمع الدولي. أيضا تعرض أعضاء لجنة و ش ش لتهديدات أخرى في يوم الإثنين 30 مارس 2015 وبداخل مبنى كاريتاس – جاردن سيتي؛ إزاء التطرق لبعض مواضيع الفساد.
وسائل وآليات مختلفة يجري استخدامها لتمرير الفساد والفهلوة والاستهداف، مثل تلفيق القضايا ضد اللاجئين السودانيين، اختفاء محاضر الشرطة من ملفات اللاجئين، تغيير أرقام ملفات اللاجئين، رفض الاعتراف ببطاقات تسجيل اللاجئين من طرف كل وكالات تحويل الأموال والبنوك وكل شركات المحمول داخل الأراضي المصرية، ومنع اللاجئين المقبولين من ممارسة حرية التنقل لعشرات السنين ورفض منح تصريح عمل للسودانيين... إلخ.
بالنتيجة، فإن عوامل التمييز والاستهداف والأجندات خارج تفويض مفوضية اللاجئين لها تأثير سلبي على حماية ومعيشة اللاجئين السودانيين بمصر؛ خاصة أولئك النشطاء من اللاجئين، وأولئك الذين ينتقدون مواقف بلادهم الأصلية من الحفاظ على سيادة الدولة السودانية.