واقترح المهدي تسعير المياه وان يكون لاي دولة الحق في بيع جزء من نصيبها من مياه النيل لأي دولة من دول حوض النيل وان تكون هناك مشاريع زراعية مشتركة بين الدول اطلق عليها «مشاريع مزارعة»، وقال ان السودان بحكم أنه يجاور معظم دول الحوض فهو مؤهل اكثر من غيره للتوسط لحل النزاعات السياسية بين دول النيل ودعا دول الحوض لتجنب أي ابتزاز بالعنف حول المياه مع الاتفاق على ترشيد استخدامات المياه ودعا الى فتح الحوار حول مياه النيل بصورة موضوعية.

وقال المهدي بان لمصر حق مكتسب في مياه النيل وفقاً للاتفاقيات السابقة ولاعتمادها الكبير على النيل ولكنه شدد على ضرورة استفادة السودان من كل حصته في مياه النيل مشيراً الى عدم استفادة السودان من 5,4 مليارات متر مكعب سنوياً من المياه وطالب بتعلية الخزانات السودانية وانشاء خزانات جديدة مشيراً الى ان السودان في حاجة ماسة لاستخدام هذه المياه لزرع اراضيه الزراعية الشاسعة . وأقر بوجود اهمال متراكم من قبل الحكومات السودانية في مسألة تنمية الموارد المائية غير النيلية واضاف بان عدم التقسيم المتوازن للخدمات احدث العديد من النزاعات في السودان الى جانب اهمال القطاع الزراعي التقليدي الذي يعمل فيه 70% من سكان السودان ونفي ان يكون اثارته لموضوع اعادة تقسيم مياه النيل هي التي احدثت الجفوة بين حكومته ومصر مشيراً الى ان السبب يعود الى دعوته عندما كان في الحكم الى اعادة النظر في اتفاق التكامل الذي اعتبره أنه كان يقوي من سلطة نظام الرئيس السوداني السابق جعفر النميري.