يواجه السودان اليوم مجموعة من التحديات والصعوبات التي ستحدد إلى حد بعيد طبيعة المستقبله السياسي في ظل غياب عمليات التغيير التي تفتقدها الساحة السودانية ، فإذا تمكنت القوى المعارضة التي تسعى إلى تغيير النظام في السودان من مواجهة هذا النظام بجدية وصدق وتكاتف فإنها ستتمكن من إنهاء خطر هذه التحديات وبناء مستقبل سياسي مختلف عن الأوضاع الراهنة التي يعيشها الشعب السوداني اليوم ، أما إذا لم تحسن القوى المعارضة العمل الجاد من أجل التغيير فإن السودان سينتقل من أزمة التغيير إلى أزمة أكثر خطورة وصعوبة وهي أزمة التقسيم في ظل تمسك الكيزان في الحكم . ومن أبرز التحديات التي تواجه السودان اليوم هي :
1- تحدي المليشيات والمجموعات المسلحة فى بعض المدن والقرى السودانية التي أصبحت قادرة على مواجهة الجيش و الشرطة ، ولا ريب أن استمرار سيطرة هذه المليشيات في دارفور سيمكنها من مواجهة بعضها البعض في ظل خلاف المصالح .
2- أن الخلاف الذي نشأ بين هلال والكيزان عميقا وجوهريا بين أطراف كانت تقاتل في صف واحد وفرقت بينها المصالح الشخصية .
3- أن هذه الخلافات تلقي بظلها الثقيل على الواقع الانساني في الإقليم المطرب وتزيد من محن الشعب الدارفوري .
4- أن غياب حالة عدم الثقة بين القوة المعارضة والشعب هي التي أدت إلى إخفاق عملية التغيير ودخول السودان في النفق المظلم .
5- اختلاف المعارضة الداخلية والخارجية وفقدان الشعب الثقة فيهم يجعل من تغيير النظام السياسي في السودان صعب .
6- السودان لن يحكم بمكون واحد مهما كانت قدرة وقوة هذا المكون لابدا أن يكون سودان تعددي تشاركي وبدون هذه القيم سيبقى السودان مهدداً في وحدته وقدراته السياسية.
7- كل التحديات الكبرى التي تواجه وحدة السودان واستقراره السياسي العميق، لا يمكن مواجهتها والتغلب عليها بدون تغيير نظام الحكم لأن السودان بأسره يعيش لحظة حساسة ولا يمكن إنهاء مفاعيل هذه اللحظة إلا بتغيير الكيزان .