عقد المجلس المركزي للتحالف الوطني السوداني/قوات التحالف السودانية دورة إجتماعه الطارئة في الفترة من 27 إلى 31 مارس 2004م. إتسمت مداولات إجتماعات المجلس بإلتزام المؤسسية والوضوح والشفافية في مواجهة التحديات التي تهدد مسيرة التنظيم النضالية في ظل ظروف بالغة التعقيد.
وقد تم بذل جهود متكررة لإقناع رئيس المكتب التنفيذي بضرورة حضوره للإجتماع، إلا أن كل هذه الجهود اصطدمت بموقف متصلب من رئيس المكتب التنفيذي على الرغم من المناشدات المتكررة من رئيس المجلس المركزي وبعض أعضائه.
ناقش المجلس الأزمة السياسية والتنظيمية التي يمر بها التحالف. وتأكد له النهج الشمولي لرئيس المكتب التنفيذي والإنفراد بالقرار، وعدم إلتزامه بالمنهج الديمقراطي ولوائح التنظيم. وخير مثال لذلك فصله ثلاثة من أعضاء المكتب التنفيذي على الرغم من نص النظام الأساسي على السلطة التي لها حق عزل أعضاء المكتب التنفيذي والتي تقرأ كالآتي: " يعزل رئيس أو أي عضو من أعضاء المكتب التنفيذي في دورة طارئة للمؤتمر العام وبأغلبية ثلثي الأصوات ..." . بالإضافة لذلك، وقد إتضح للمجلس إنحراف رئيس المكتب التنفيذي عن الأسلوب الديمقراطي بعدم مشاورة أعضاء المكتب في بعض الأمور الهامة والتي لها أثر سلبي على الخط السياسي ووجود التحالف نفسه.

وعليه؛ اتخذ المجلس وبالإجماع قرارات مصيرية هامة تلخصت في الآتي:
1. إعتبار قرارات رئيس المكتب التنفيذي بفصل الأعضاء الثلاثة باطلة وكأن لم تكن وكذلك فصل بعض الأعضاء لمخالفتها لنصوص النظام الأساسي للتحالف.
2. تجميد نشاط المكتب التنفيذي وأماناته، لفشله في أداء مهامه الموكلة إليه وإستحالة عمله بصورة متجانسة، وذلك إلى حين إنعقاد المؤتمر الطارئ للتحالف الوطني السوداني/قوات التحالف السودانية.
3. رفض ممارسة رئيس المكتب التنفيذي في اتصالاته الفردية والسرية بنظام الجبهة الإسلامية والتي تناقض خط التنظيم ونهجه السياسي.
4. أكد المجلس على ضرورة إكمال الوحدة مع الحركة الشعبية لتحرير السودان/الجيش الشعبي لتحرير السودان والتي تمت بالبيان الموقع بين الطرفين في 28 فبراير 2002م إنفاذاً لقرارات هيئات التنظيم.

يستنكر المجلس وبشدة، إنتهاكات حقوق الإنسان وسياسات التطهير العرقي التي يمارسها النظام ضد أهلنا في دارفور.
ويحييّ المجلس شهداء التحالف والتجمع الوطني الديمقراطي، الذين قدموا أرواحهم من أجل السودان الجديد. كما حيّا نضالات الشعب السوداني بكافة قطاعاته وفي كل المواقع، في صموده وتصديه للنظام الإرهابي الشمولي.
وفي ختام مداولاته عبّر المجلس عن جزيل شكره وعميق إمتنانه لكافة أصدقاء التحالف وحلفائه، وأكد على وقوفه مع وحدة التجمع الوطني الديمقراطي.
والمجـد والخلـود لشهـداء الحـرية والديمقـراطية
المجـد والخلـود لشهـداء ثـورة الحـرية والتجـديد
المجلس المركزي
التحـالف الوطني السـوداني/قـوات التحـالف السـودانية
31 مارس 2004م

ويجب الأشارة هنا الي ان المجلس المركزي للتحالف كان قد اتخذ عددا من القرارات ومن ضمنها قرارا
بتجميد المكتب التنفيذي ،، وجاء في القرار
عليه، وإستناداً إلى النظام الأساسي، الباب الثامن: المجلس المركزي، المادة (2): سلطات وإختصاصات المجلس. وبعد مداولات مستفيضة وجادة في مواجهة الموقف، خرج الإجتماع بالقرارات التالية:

1. تجميد نشاط المكتب التنفيذي وأماناته، لفشله في أداء مهامه الموكلة إليه وإستحالة عمله بصورة متجانسة، وذلك إلى حين إنعقاد المؤتمر الطارئ للتحالف الوطني السوداني/قوات التحالف السودانية.
2 تجميد صلاحيات رئيس المكتب التنفيذي إلى حين قيام المؤتمر الطارئ.
3 أدان الإجتماع جميع القرارات الفوقية وغير المؤسسية التي صدرت من رئيس المكتب التنفيذي وإعتبرها لاغية.
4 تكوين لجنة تقييم لتجربة التحالف منذ إنشائه وتقديم توصيات ومقترحات للمؤتمر الطارئ.

وإستناداً إلى الباب العاشر من النظام الأساسي ـ المؤتمر العام ـ أمّن المجلس المركزي على دعوة المؤتمر العام الطارئ بالإنعقاد في أقرب فرصة ممكنة، وقرر تكوين لجنة تحضيرية لذلك برئاسة رئيس المجلس المركزي.

وإستناداً إلى الباب الحادي عشر من النظام الأساسي ـ تكوين اللجان ـ قرر المجلس المركزي تكوين لجان مؤقتة لإدارة العمل لحين إنعقاد المؤتمر الطارئ تحت إشراف رئيس المجلس المركزي، مع إنشاء أمانة للتنسيق بين هذه اللجان.
وتم تكوين اربعه لجان وامانة للتنسيق وهي ، لجنة سياسية ولجنة عسكرية ولجنة مالية ولجنة توحيد قوي السودان الجديد